Используйте ЗДЕСЬ файл и перенаправьте вывод команды

То, что Вы записали в первой строке, похоже на полную команду (“(составной) список” в терминологии оболочки), таким образом, оболочка рассматривает его как полную команду. С тех пор существует здесь-документ, запускают маркер (<<END), оболочка затем читает содержание здесь-документа и затем запускает новую команду. Если Вы хотите поместить здесь-документ посреди списка, необходимо указать к оболочке, что список не закончен. Вот несколько путей.

mpirun -np 6 ./laplace <<END |
…
END
tail -n 1 > output

{ mpirun -np 6 ./laplace <<END
…
END
} | tail -n 1 > output

Или, конечно, можно удостовериться, что команда полностью помещается в первую строку.

mpirun -np 6 ./laplace <<END | tail -n 1 > output
…
END

Правило помнить состоит в том, что содержание здесь-документа запускается после первой неупомянутой новой строки после <<END индикатор. Например, вот другой запутываемый способ записать этот сценарий:

mpirun -np 6 ./laplace <<END \
| tail -n $(
…
END
             echo 1) > output