Какому месту оболочка назначает обычную переменную?

perl -lMautodie -pe 'BEGIN{ open FILE_B, "<", pop; }
   s/^>Node.*// && do{for my $k (0..3) { s/$/<FILE_B> =~ s|\n| |r/e }}
' FileA FileB

Объяснение

• Опции Perl: -l => IFS=OFS=\n, -p => неявное чтение файла в цикле + автопечать записи.
• прагма autodie включена для спасения при ошибках.
• открываем FileB
• для сопоставления строк >Узел в начале FileA, мы читаем FileB 4 раза и удаляем новые строки.