Правила Udev, соответствующие выходным данным команды (или чему-то подобному)

Вместо тестов с регулярными выражениями я бы предложил сравнение строк для строк и числовое сравнение для числовых значений, т.е.

$2 == "exonic"

и

$4+0 < 1

(+0 приводит к числовому, а не лексическому сравнению) . Кроме того, это просто вопрос правильной логики:

$ awk -F'\t' '$2 == "exonic" && $3 == "nonsynonymous SNV" && ($4+0 < 1 || $4 == ".") && ($5+0 < 1 || $5 == ".") && ($7+0 < 1 || $7 == ".")' inputfile.txt
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.246   .   rs2022  0.4061
chr2    exonic  nonsynonymous SNV   0.6131  0.7376  rs227   0.7167