Я решил эту проблему, преобразовав мои 'пользовательские' таймеры в корневые/системные таймеры.
Я отключил все свои файлы .service и .timer и переместил их из домашнего каталога в /etc/systemd/system.
Я добавил раздел «User=» в каждый служебный файл, чтобы мои скрипты запускались обычным пользователем, а не root.
Теперь мои таймеры не срабатывают при запуске системы, и у меня также возникали проблемы со спорадическим срабатыванием при входе в систему через ssh. Это также было решено теперь, когда они находятся под контролем учетной записи root, но запуск моих сценариев по-прежнему запускается как PID обычного пользователя, что сохраняет атрибуты владения моими файлами. Проблема решена.
ОП опубликовал это как редактирование вопроса, поэтому я воспроизвел его здесь.