Загрузить драйвер диска во время установки Debian

Вы имеете в виду chmod 700 --recursive /? Это только вызовет проблемы. Поскольку вы сказали, что сервер не является общим, права доступа к папке не так важны. Безопасность приложения важна. Проверьте SELinux, хотя это продвинутый вариант.

rsync имеет переключатели для обработки разрешений. Вы можете --chmod=CHMOD повлиять на права доступа к файлам и/или каталогам во время синхронизации, чтобы применить соответствующие разрешения к месту назначения.