perl -F, -lane '
   push(@h, [@F]),next if @ARGV;
   print(qq[$_,Comments]),next if ++$FNR == 1;
   $F[1] > $h[$FNR][1] and push @A, join q[,], $F[0], $F[1],   q[], q[Min. Temp is higher];
   $F[2] > $h[$FNR][2] and push @B, join q[,], $F[0],   q[], $F[2], q[Max. Temp is higher];
   eof and print for @A, @B;
' file1.csv file2.csv > file3.csv

Пояснение

Установите разделитель полей ввода в виде запятой, чтобы разделить и сохранить поля в @F для каждой строки. Сохраните файл1 в LoL, также известном как список списков, @h = ([Line1:$F[0],$F[1],$F[2]], [Line2:$F[0] ,$F[1],$F[2]], ... ).

$FNR содержит счетчик строк файла 2.

Затем заполните массивы @A @B на основе заданных критериев.

Обратите внимание, что доступ к LoL осуществляется как к матрице $h[n][m] => n-й список сначала берётся из LoL @h, а затем из этого перехваченного списка выбирается m-й элемент.