apache умирает, когда я отправляю FTP на сервер от имени этого пользователя

if [[  "${row:$j:1}" == a ...

Если вы идете этим путем, я думаю, вы могли бы просто сделать все это в оболочке:

while read -r s ; do
    for (( i = 0 ; i < ${#s} ; i++ )) ; do 
        [ "${s:i:1}" = "a" ] && astr+=a || bstr+=b
    done
    echo "$astr$bstr"
done