Не удалось завершить настройку LUKS

Это не сообщение об ошибке. По сути, Linux предполагает, что при наличии IO-APIC и IOMMU переназначение прерываний должно поддерживаться. Однако на этом оборудовании это не поддерживается — IO-APIC имеет ID 2, а IOMMU соответствует только ID 0. Linux замечает эту ситуацию, корректно отключает переназначение прерываний и печатает это уведомление в dmesg.