Я ожидаю, что это просто #2 (файл не имеет записи ни в одном каталоге).
Если на файл указывает одна или несколько записей каталога,
fsck
должен просто установить счетчик ссылок равным количеству записей в каталоге.
Если на файл указывает одна или несколько записей каталога,
нет причин для fsck
создавать новую запись в каталоге
в каталоге Lost+Found
.