запустить скрипт удаленно и использовать результат локально с помощью ssh auto login
Вы можете перебрать один из наборов входных файлов (например, файлы .faa) и сгенерировать другой входной файл и имена выходных файлов из тех:
for f in *.faa; do
./pal2nal.pl "$f" "${f%.faa}.fna" -codontable 11 -output paml > "${f%.faa}.paml"
done
Синтаксис ${f%word}удаляет самый короткий завершающий компонент, соответствующий word.
1- есть ли способ отключить интерактивный вход?
Да, используйте аутентификацию с открытым ключом или sshpass , чтобы ввести пароль .
2- как я могу запустить файл сценария через spawn ssh?
Да, использовать ожидать сценарий . Если вы хотите запустить какой-либо другой сценарий внутри ( awk ), вам нужно экранировать специальные символы ( \ $ ).
На самом деле, для первого вопроса вам может не понадобиться отключать интерактивный вход в систему, но, как указано Jakuje , вы можете использовать sshpass или аутентификацию с открытым ключом, как описано в моем блоге . ]. Другой хороший справочник по аутентификации с открытым ключом доступен здесь . Sshpass можно использовать в следующем формате, но изначально sshpass необходимо установить в вашей системе.
Формат команды:
sshpass -f password_file ssh user_login@ip_address_of_the_server