git-application создал монстра, которого я не могу отменить инициализацию

Вы не сортируете файл перед его фильтрацией. Из справочной страницы:

Примечание: uniq не обнаруживает повторяющиеся строки, если они не являются смежными. Вы можете сначала отсортировать ввод или использовать sort -u без uniq. Кроме того, сравнения соблюдают правила, указанные в LC_COLLATE.

Вам также необходимо обработать все строки, которые вы хотите подсчитать, за один раз. В настоящее время вы обрабатываете типы файлов по одному, поэтому uniq -c правильно говорит вам, что у вас есть по одному из каждого типа — он всегда видит только один тип файла за раз.

file * | sort | uniq -c

было бы более подходящим (предположительно с более конкретным глобусом или даже списком файлов для обработки).