задания выскочки - привилегированные против непривилегированных

Для объявления переменных окружения лучше использовать файл configure.ac. Там вы можете написать:

export PYTHONHTTPSVERIFY=0

Однако я не уверен, чего вы пытаетесь добиться этим. Нужна ли вам переменная окружения для запуска вашей программы или ее компиляции? В первом случае предпочтительны другие методы.