mass_dns: предупреждение: невозможно определить какие-либо DNS-серверы. Обратный DNS отключен

При монтировании диска разрешения точки монтирования заменяются разрешениями корневого каталога устройства.

Так что да, вы можете изменить права доступа к вашей точке монтирования /home/user/Downloads, чтобы ваш пользователь не смог получить к ней доступ. Затем, после подключения внешнего диска, вам нужно будет настроить права доступа к корневому каталогу вашего диска (он снова доступен как /home/user/Downloads после его подключения).

Отныне пустая точка монтирования не будет доступна для чтения приложением, запущенным от имени непривилегированного пользователя.