Временная метка каждой строки в GNU Screen

Вот один из способов сделать это с помощью Python:

Код:

from collections import OrderedDict
data = OrderedDict()
with open('file1', 'rU') as f:
    for line in f.readlines():
        line = line.split('\t')
        key = tuple(line[:2] + line[3:])
        data.setdefault(key, []).append(line[2])

with open('file2', 'w') as f:
    for k, v in data.items():
        f.write('\t'.join([k[0], k[1], '/'.join(v)] + list(k[2:])))

Результаты:

1   109860777   COSN18724706    CT  C   SORT1
1   154842199   COSM3685920/COSM5827506 G   GGCTGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCTGCT    KCNN3
1   1684347 COSM1320773/COSM1320774/COSM5827581 C   CCCT    NADK
1   248801602   COSM246232  T   TCA OR2T35