Как установить что-то, что читает из буфера обмена (например, xclip или xsel) без использования sudo?

Я предполагаю, что вы хотите сгенерировать флаг --exclude для каждого имени, введенного пользователем, т.е. если пользователь вводит foo bar, вы хотите, чтобы командная строка имела что-то вроде этого?

rsync ... --exclude foo --exclude bar ...

Поскольку вы пометили это с помощью bash, вы можете использовать read -a для чтения слов, заданных пользователем, прямо в массив, а затем построить другой массив, содержащий необходимые параметры для rsync:

read -a dirs
excludes=()
for d in "${dirs[@]}" ; do
    excludes+=(--exclude "$d")
done
rsync -RravhP "$Code" "${excludes[@]}" "$destination"

Без -r до read вы все равно можете экранировать имена пробелами, введя что-то вроде aa bb\ cc, чтобы получить два имени aa и bb cc.