Fedora 23: "dnf update" застрял на "Running transaction"

Если цель такая же или больше, она будет работать. Вы можете проверить с помощью:

blockdev --getsize64 /dev/source /dev/target

Если она меньше, то место закончится, но имеет ли это значение, зависит от того, сколько байт не хватает / и что на самом деле там есть.

Оглядываясь назад, я мог бы лучше скопировать в изображение (?)

У файлов изображений тоже есть недостатки. Плюс нужно больше места... Вы можете скопировать диск 3 ТБ на другой диск 3 ТБ, но не в файл образа на этом диске 3 ТБ, поскольку значительная часть теряется на разметку, метаданные файловой системы, ...

1) Запускайте ddrescue, пока он работает с другим диском на 3 Тб

Да, хотя лог-файл/мап-файл позволяет вам отменить его в любое время и перезапустить с разными опциями. Вы упомянули, что он застрял на медленной области, вы можете пропустить ее вперед или, возможно, поэкспериментировать с опцией --min-read-rate. Но пока он не застрял полностью, возможно, будет лучше просто продолжить его запуск.

4) Если в конце концов место закончится - что делать?

Зависит от того, что находится на диске и сколько не хватает.

Иногда это вообще не имеет значения, например, LVM часто имеет некоторые непригодные данные в конце (зависит от размера физической области и смещения), а большинство файловых систем больше заботятся о начале диска, чем о его конце.

Если не хватает небольшого участка, можно использовать dmsetup linear mapping для создания нового устройства с дополнительным пространством, без необходимости копировать все заново. Но, скорее всего, это не очень серьезная проблема.