Если в полях есть запятые, то созданный CSV-файл должен создать какой-то способ очерчивания полей от этих запятых. Например, это часто делается путем кавычек вокруг таких полей:
"field,1","field,2"
В противном случае невозможно определить, что разделяет поле, а что является частью этого поля. Эта проблема существует независимо от того, какого персонажа вы выберете.
Вы можете искать и заменять эти элементы своим собственным персонажем, если хотите, как в примере выше:
sed -e 's/","/"~"/g' csvfile