В общем, нет, резервная копия раздела NTFS, сделанная под Linux, не может правильно восстановить разрешения. NTFS может кодировать списки управления доступом, которые Linux не поддерживает; документация NTFS-3g дает некоторую информацию о том, что поддерживается. Насколько мне известно, Windows действительно использует ACL, который Linux не поддерживает, по крайней мере, в некоторых конфигурациях (хотя, возможно, не в младших «домашних» версиях).