Проблема запуска службы Systemd

Хорошо, я понял это сам.

Я должен был использовать лид / перед именами каталогов. Также пришлось поменять */ на /*/

+ /app/
+ /config/
+ /database/
+ /public/
+ /resources/
+ /routes/
- .env
- /*/

И мой второй вопрос тоже решен. используя --filter=". .. /filter.txt"