Похоже, это своего рода повреждение кеша пакетов.
Чтобы решить эту проблему, я сделал:
sudo pkg clean
sudo rm -rf /var/cache/pkg/*
sudo pkg update -f
После этого я снова смог устанавливать пакеты.
Я опирался на эту ветку форумов FreeBSD pkg 1.3.0: несоответствие размера не может продолжаться с подобной проблемой.