geany.glade
определяет пользовательский интерфейс и не может быть изменен пользователем (точно так же, как код приложения не может быть изменен пользователем).
Если вы хотите настроить интерфейс, не будучи пользователем root, вам необходимо установить собственную копию Geany в свой домашний каталог и изменить ее там.
Я не знаю, считается ли это обходным путем, но вы можете запустить веб-сервер и сделать его общедоступным прямо во время работы certbot. После этого вы можете снять его. Итак, вы можете создать скрипт, который запускает веб-сервер и делает его общедоступным, затем запускает клиент letsencrypt и после этого останавливает его.
Конечно, велика вероятность, что вы не сможете/не захотите сделать свой сервер общедоступным хотя бы на несколько секунд, но я не могу придумать другого жизнеспособного решения.
LetsEncrypt необходимо подтвердить право собственности, и он делает это через Интернет, доменные имена и IP-адреса. Внутренние домены не будут работать, потому что у них нет возможности это проверить. У вас не будет доменного имени или IP-адреса, которые можно проверить извне.