Этот код Perl принимает все объединяемые файлы и определяет общий заголовок из заголовков всех файлов, а затем изменяет порядок печати столбцов на вывести файлы.

     perl -wMstrict -Mvars='*ARGV_orig,*comm_hdr,*prev,*h' -lne '
     BEGIN{
       @::ARGV_orig = @ARGV;

       $::prev = q//;

       sub trim {
          my ($str) = @_ ? @_ : $_;

          for($str) {
             s/^\s*//;s/\s*$//;
          }

          return $str;
       }

       sub intersection(\@\@) {
          @{$_[0]} > @{$_[1]} and @_ = reverse @_;

          my @smaller = @{ +shift };
          my @larger  = @{ +shift };

          my @common;

          for my $e (@smaller) {
             push @common, $e
                if grep { $_ eq $e } @larger;
          }

          return @common;
       }

       sub col_print_order {

          my @common_hdr = @{ $_[0]->{common_header} };
          my @header2prn = @{ $_[0]->{header_2print} };

          my @reorder;

          for my $e (@common_hdr) {
             if ( -1 < (my ($l) = grep { $header2prn[$_] eq $e } 0..$#header2prn) ) {
                push @reorder, $l;
             }
          }

          return @reorder;
       }

    }

    if ( $ARGV ne $::prev ) {
       $::h{$ARGV}{header} = $_;
       my @A = split;
       @::comm_hdr = @::comm_hdr ? intersection(@::comm_hdr, @A) : @A;
       $::prev = $ARGV;
    } else {
       push @{ $::h{$ARGV}{data} }, $_;
    }

    END{
       local $, = chr(32);

       my @comm_hdr_sorted = sort @::comm_hdr;;
       print @comm_hdr_sorted;

       for my $argv (@::ARGV_orig) {
          my @current_header = split /\s+/, trim $::h{$argv}{header};

          my @order = col_print_order({
             common_header => \@comm_hdr_sorted,
             header_2print => \@current_header,
          });

          my @file = @{ $::h{$argv}{data} };

          for my $line_num ( 0..$#file ) {
             my $line = trim $file[$line_num];
             my @fields = split /\s+/, $line;
             print @fields[ @order ];
          }
       }
    }
 ' yourfile1 yourfile2 yourfile3 # ... specify all your filenames to be merged here

Выход

Col1 Col3 Col4 Col5
A    C    D    E
P    R    Q    S