CentOS 7 Шифрование PDF-файла

Каждый файл (папка также является файлом) имеет встроенную отметку времени.

Я полагаю, вы не можете создавать их для структур папок одновременно, поэтому отметки времени для этих файлов разные.

В результате архивирование или хеширование дадут вам разные результаты, поскольку отметка времени является частью файла, который используется в обеих операциях.

В этом разница между внешне идентичными файловыми структурами.

ОБНОВЛЕНИЕ: я полагаю, что при проверке одинакового содержимого вам нужно проверить содержимое этих файлов и сравнить их.