Вывод отрицательных чисел в zenity --list

Нет, и не может быть. Rsync использует временные метки файлов, чтобы определить, что копировать, а что пропустить. На более низком уровне, чем файлы, нет ничего подобного. Данные на диске не помнят, что раньше было другое расположение разделов.

Для того чтобы убедиться, что два диска идентичны, инструмент, работающий под файловой системой, должен прочитать каждый блок с обеих сторон и скопировать исходный блок на целевой, если они отличаются. Это обычно медленнее, чем безусловное выполнение копирования. Это может быть быстрее, если запись на целевой диск происходит намного медленнее, чем чтение (но все равно это далеко от того, что выигрывает rsync, полностью пропуская неизмененные файлы); мне кажется, я видел инструмент, который делал это, но сейчас не могу его найти.

Если вы внесли изменения в настройку разделов на одной стороне, внесите те же изменения на другой стороне, затем вызовите rsync на отдельных файловых системах.