Предотвращение того, чтобы debian испортил конфигурацию grub

Это довольно распространенный способ отображения управляющих символов.

См. например, раздел "В ASCII" в статье "Управляющий символ" в Википедии.

Таким образом, ^R будет тем, что вы получите, нажав Ctrl+R на клавиатуре.

Что касается того, почему они появляются в вашем файле, я не знаю. Может быть, они там просто как разделители, чтобы облегчить разбор лог-файла для какого-то другого инструмента? Но это только мои догадки.