патч: «плохой дескриптор файла» в сочетании с конвейером и LD_PRELOAD / libtrash

Возможно, это неправильный жесткий диск в вашем grub.cfg

bios=hd1,msdos2 --hint-efi=hd1,msdos2 --hint-baremetal=ahci1,msdos2

hd1,msdos2, ahci1,msdos2 и т.д. относились бы ко второму диску. Обычно это первый hd0,msdos1, на котором установлен grub /dev/sda

проверьте это с помощью grub-install --recheck /dev/sda

Ваши разделы будут выглядеть следующим образом. (загрузка на основном)

sudo parted -l

Model: ATA VBOX HARDDISK (scsi)
Disk /dev/sda: 107GB
Sector size (logical/physical): 512B/512B
Partition Table: msdos
Disk Flags: 

Number  Start   End    Size    Type      File system     Flags
 1      1049kB  103GB  103GB   primary   ext4            boot
 2      103GB   107GB  4394MB  extended
 5      103GB   107GB  4394MB  logical   linux-swap(v1)