Создайте сценарий java2ps для упрощения обработки параметров
#!/bin/bash
export ENSCRIPT="
--portrait
--columns=1
--font=Courier8
--highlight=java
--color
--line-numbers
--output=-
"
iconv -f utf-8 -t iso-8859-1 "$1" \
| enscript --header=' $n|'"$1"'|%F Page $% of $='
Теперь выполнение очень простое
find -name '*.java' -type f -exec ~/java2ps {} \; | ps2pdf - > all.pdf