Как я могу заархивировать каталог, указав каталог?

Нет, вы не можете сказать новой версии Unison притвориться старой версией. Это печально известная особенность Unison; формат архивного файла (который отслеживает все синхронизируемое для повышения эффективности) изменяется в каждой новой версии. Поэтому версии Unison на разных машинах должны точно совпадать.

Поскольку 2.40 - более старая версия, я не уверен, что она будет в репозитории Ubuntu. Вы можете скомпилировать и установить его из исходников, или попробовать один из этих предварительно скомпилированных двоичных файлов.