Причина, по которой в метапакетах упоминаются обновления, связана с ситуацией dist-upgrade
, где добавлены новые пакеты как зависимости, а старые пакеты удалены из репо (или должны быть удалены из-за конфликтов).
Обычно это происходит при обновлении до новой версии ubuntu (например, 16.04 -> 16.10). Это гораздо реже при обновлении ubuntu в той же версии. В версии ubuntu это особенно маловероятно для метапакета.
Например, в Debian пакет iceweasel был заменен на firefox. (Никаких дополнительных обновлений безопасности для iceweasel выпущено не было). Но замена и обновление все равно будут происходить независимо от того, был ли iceweasel установлен метапакетом для среды рабочего стола.