Мне нужно было добавить несколько строк, и я не мог заставить работать sed, поэтому вместо этого использовал awk:
awk '/full_configure_flags :=/{print $0 RS \
" --add-dynamic-module=/opt/ngx_http_split_clients/ngx_http_split_clients_module.c" RS \
" --with-http_addition_module" RS \
" --with-http_sub_module" RS \
" --with-http_flv_module" RS \
" --with-http_mp4_module" RS \
" --with-http_gunzip_module" RS \
" --with-http_random_index_module" RS \
" --with-http_secure_link_module" RS \
" --with-http_stub_status_module" RS \
" --with-mail" RS \
" --with-mail_ssl_module" RS \
" --with-file-aio" RS \
" --with-ipv6" RS \
" --with-http_spdy_module" RS \
" --with-cc-opt";next}1' /opt/rebuildnginx/nginx-1.10.2/debian/rules
Этот пост SO был полезен при выяснении синтаксиса.