Как я могу определить, какие каталоги находятся в другой файловой системе?

Переместите одно большое дерево каталогов в /mnt/data и создайте символическую ссылку на него в корневом разделе. Фактическое расположение под /mnt/data не имеет значения: ничто не связывает /SOME/PATH с /mnt/data/SOME/PATH априори.

service nginx stop
mv /var/www /mnt/data
ln -s /mnt/data/www /var
service nginx start

Не размещайте символическую ссылку под корнем сайта: большинство веб-серверов настроены так, чтобы не следовать символическим ссылкам, чтобы ограничить эффект атак обхода пути.