Отобразить диалоговое окно от pam_exec среды при входе в систему?

Вместо того, чтобы иметь уведомления происходят в pam_exec, у Вас могла быть запись pam_exec в файл (как Вы, с/tmp/pam_output), и выполни отдельного демона lightdm, прежде чем пользователь войдет в систему, который контролирует/tmp/pam_output и открывается примечание, когда это видит новый вывод. Фоновый процесс, выполненный lightdm уже, имел бы X сред и настройки куки X11, и будет выполнен в контексте lightdm пользователя вместо корня, который более безопасен так или иначе. См. эту документацию относительно запуска сценария, когда зазывала запустит.