Извлечь строки, содержащие шаблон
Команда alternatives(справочная страница) представляет собой инструмент для создания, удаления, обслуживания и отображения информации о символических ссылках, составляющих система альтернатив. Итак, вы вносите общесистемныеизменения с его помощью и, таким образом, вам нужен пользователь с повышенными привилегиями. Вам нужно либо sudo update-alternatives(если установлено sudoи пользователь является sudoer), либо войти в систему как root с помощью su -, а затем выполнить указанную команду . Этот ответна вопрос о том, как запускать команды, требующие root-прав, может быть вам полезен.
Судя по предоставленным вами данным, похоже, что вы например, получить все строки, начинающиеся с непустого символа:
$ grep '^[^[:blank:]]' file.in
#1: nexus0002_Pseudomonas_10M
tree length for dN: 0.0023
tree length for dS: 0.0341
#1: nexus0003_Pseudomonas_10M
tree length for dN: 0.0111
tree length for dS: 0.0444
С sed:
$ sed -n '/^[^[:blank:]]/p' file.in
В обоих grepи sed, [[:blank:]]будет соответствовать одному пробелу или символу табуляции. [^[:blank:]]с поэтому соответствует любому одиночному символу, который не является пробелом или табуляцией. Помещение ^перед этим привязывает шаблон к началу строки.
Используйте grep
grep -E "^#1:|tree length for" infile.txt
или sed
sed -n '/^#1:/p;/^tree length for/p' infile.txt