Удалены / usr / bin / touch и / bin / touch . Кажется, что сейчас ничего не удается ни установить, ни создать какие-либо файлы?

Я проверяю, существуют ли оба каталога. После этого я создал новую переменную, которая вырезает коды, содержащиеся в файле данных: wth = echo $ {line} | cut -c 1-7

#!/bin/bash

while read line
do
echo "line" $line
wth=`echo ${line} |  cut -c 1-7`
echo "wth" ${wth}
if [[ -d ../Results/${wth}_Forward && -d ../Results/${wth}_Reverse ]]
then

        cd ../Results/COMBI
        mkdir ./${wth}_COMBI
        cd ..
        for (( win = 2; win < 20; win += 2 )); do
        printf 'The value of win is %d, now entereing inner loop\n' "$win"

        for (( per = 50; per < 100; per += 2 )); do
            printf 'Value of per is %d\n' "$per"
            merger -asequence ./${wth}_Forward/${wth}_Forward_Trimmed_w${win}_p${per}.fa -bsequence ./${wth}_Reverse/REV_COMP/${wth}_Reverse_w${win}_p${per}_RevComp.fa -outfile none -outseq ./COMBI/${wth}_COMBI/${wth}_w${win}_p${per}_COMBI.fa
        done
        done
else
    echo ${wth} "Forward or Reverse directory does not exist"
fi
done < ./Data_ORD.txt

Теперь скрипт работает. Кажется, что прямой вызов $ line в качестве переменной - не лучшая идея, поскольку могут быть некоторые невидимые пробелы.