Спасибо всем за то, что нашли драгоценное время для решения моей проблемы. Я хотел бы рассказать, как я это решил:
prev_dir=/cygdrive/c/Users/abhisek.samanta/Desktop/Table_scripts
new_dir=/cygdrive/c/Users/abhisek.samanta/Desktop/New
cd $prev_dir
for i in `cat req_files.txt`
do
sed -i 's/\r$//' $i
echo $i
cd $prev_dir
mv $i $new_dir
done
Тот же старый короткий код работал без особых настроек. Спасибо всем за искреннее сотрудничество. :)