Каким-то образом мой esp был поврежден. После резервного копирования и запуска S.M.A.R.T. Чтобы убедиться, что это не аппаратная проблема, я переформатировал esp и переустановил rEFInd:
mkfs.fat -F32 /dev/sda2
refind-install --usedefault /dev/sda2
cd /var/cache/pacman/pkg
pacman -U linux-4.8.12-2-x86_64.pkg.tar.xz
mkinitcpio -p linux