rsync - копировать содержимое каталога, только если определенный файл не существует.

Можно создать список каталогов, содержащих *файлы.swf, а затем преобразовать этот список в файл исключения для rsync.

напр.

find /path/to/topdir/ -iname '*.swf' -printf "%h\n" |
    sort -u |
    sed -e 's/^/- /; s:$:/**:' > rsync-exclude.txt

будет выглядеть примерно так, что можно использовать с опцией --exclude-from=FILErsync:

- /path/to/topdir/directory1/**
- /path/to/topdir/directory2/**
- /path/to/topdir/directory3/**
- /path/to/topdir/directory5/subdir1/**

Обратите внимание, что параметры включения и исключения rsync могут быть трудны в освоении, они не работают так же, как подстановочные знаки или регулярные выражения. Сначала вам нужно будет попрактиковаться с --dry-runи --verbose, пока вы не получите правильные паттерны.