Ответ: нельзя, по крайней мере, в GNOME. KDE или другие дистрибутивы предлагают несколько больше ручек, но большая часть поведения libinput не настраивается пользователем так, как в Xorg. Если вам не нравится поведение, напишите об ошибке: https://bugs.freedesktop.org/enter_bug.cgi?product=Wayland
В Fedora 25 внесено несколько измененийв управление переключением видеокарты между Nvidia и Intel на одном ноутбуке. Но это конкретно для данного случая: ноутбук Optimus с картой Intel и Nvidia. Другие дистрибутивы, такие как Arch, импортировали эти биты в свои репозитории.
В Gentoo Wikiесть несколько хитростей, как переключать модули nvidia на разные ядра или одинаковые ядра с разными профилями. В обоих случаях требуются 2 отдельные записи в grub, и требуется перезагрузка, когда вы хотите изменить модули.
Ответ: Невозможно изменить во время выполнения используемый модуль видеокарты, и один модуль потребует внесения другого в черный список, и потребуются изменения xorg в зависимости от модуля.