Возможно ли дать предпочтения кэширования файловой системе?

sysctl vm.vfs_cache_pressure = 10 может помочь. Чтобы ускорить работу с тысячами небольших файлов, оставляйте в кеше больше файлов данных и индексных дескрипторов, а не содержимое файла. Наибольшие накладные расходы связаны с обнаружением небольших файлов на жестком диске, что требует гораздо больше операций чтения (больше времени), чем чтение нескольких килобайт из определенного места. Когда ядру уже известны физические позиции, хранящиеся в кэше, управление файлами будет заметно быстрее.