Если Вы уверены, что правильно отсортировали свои входные файлы, и их строки могут быть соединены, можно избежать вышеупомянутой ошибки путем выполнения join --nocheck-order file1.txt file2.txt
В системах, которые не имеют замыкаться-должностного-лица, твердого пути. FDs закрываются после fork(3p)
но прежде exec(3p)
.