Я получил ту же ошибку с GParted 0.26.1-5 (который имел resize2fs 1.43.1) при попытке сжать раздел ext4.
Мне удалось использовать старую версию resize2fs (1.42.8). Вы можете использовать старую iso-версию Parted Magic (2013.08.01, последняя бесплатная версия).