Изучив свою проблему более часа, я нахожу решение / обходной путь всего через несколько минут после публикации в StackExchange;)
Проблема заключалась в расширении Gnome "TopIcons". Я использую его уже давно, но, похоже, он нестабилен с текущей версией Gnome в моей системе. После деактивации пока все работает нормально.