Есть ли у ntpd дрейфовый файл по умолчанию?

Вы пытаетесь использовать общий драйвер настройки режима, но каким-то образом снова установили xserver-xorg-video-intel . Его удаление должно заставить Xorg по умолчанию вернуться к драйверу настройки режима.

Создание /etc/X11/xorg.conf со следующими параметрами должно поддерживать его работу, даже если -video-intel будет снова установлен:

Section "Device"
        Identifier "Intel"
        Driver "modesetting"   # on new enough Xorg, this might be "modeset" instead
EndSection

Это будет значением по умолчанию в Debian Stretch согласно сообщению в блоге Тимо Аалтонена . Поэтому после обновления до Stretch вы сможете удалить эту конфигурацию.