Практическое использование uname в chroot?

Как уже упоминал Стивен Харрис, вам нужно использовать scp, а не cp.

Правильный, минимальный синтаксис следующий: scp user@maschine:/path/to/source/file user@maschine:/path/to/destination/file.

Для вашего примера, если вы находитесь на локальной машине, нужно сделать следующее:

scp /home/karnivaurus/file.pdf karnivaurus@server.uni.ac.uk:/homes/karnivaurus/foo