это задание для awk.

awk -F: '{L[$1]=L[$1] "," $2} 
    END { for (l in L) printf "%s:%s\n",l,substr(L[l],2);}'

где

• -F: использовать : в качестве разделителя
• {L [$ 1] = L [$ 1] "," $ 2} сохранить значение, разделенное запятыми, индексированное поле 1
• END в конце файла
• for (l in L) цикл значений
• printf "% s:% s \ n", l, substr (L [l] , 2); печать, пропуская первую запятую
• , вы можете использовать "," или "," , соответственно отрегулируйте конечную подстроку.

awk может быть однострочным, используйте

awk -F: '....' File1 > File3

для подсчета генов, просто добавьте количество переменных (здесь G).

{L[$1]=L[$1] "," $2;G[$1]++} 
END { for (l in L) printf "%s:%s:%d\n",l,substr(L[l],2),G[l];}

Структура данных

 %h = (
     ...
      B => [a, b],
      A => [1, 2, 3],
     ...
 );


perl -F':' -lane '
   push @{$h{$F[0]}}, $F[1]}{
   $"=",";
   print "$_:", "@{$h{$_}}|", scalar @{$h{$_}} for keys %h;
' File1 > File1.new

Краткая

The field separator is set to a semicolon, thus populating each time a line is read in afresh 
the @F array. Then we append the 2nd field, $F[1], to the array of hash
keyed in on the 1st field, $F[0]. At the end, we display the key name,
followed by the array contents corresponding to this key, & the count of
the array as well.

Выход

A:1,2,3|3
B:a,b|2
C:pp|1
D:rr|1

Sed

sed -e '
  :loop
     $!N
     s/^\(\([^:]*\):.*\)\n\2:\(.*\)/\1,\3/
   tloop
   P;D
' yourfile