Что-то вроде этого? Сработало с вашими примерными данными:
paste file{1,2} | awk '{for (i=1;i<=NF/2; i++){printf "%s:%s\t",$i,$(NF/2+i)};printf "\n"}'
1/0:3 0/0:5 0/0:2
0/0:1 1/1:7 0/0:10
1/1:3 0/1:4 0/0:3
У меня сработала установка переменной окружения SWT_GTK3=0
. Это описано в http://www.eclipse.org/swt/faq.php#gtkstartup.