Ошибка Xt: Не удается открыть дисплей!

С awk

awk 'BEGIN{RS=">\n+";ORS=">\n";FS="\n"} {$1=$1}1' yourfile
< Jan 20, 2016 11:58:09 AM EST  Test1 Sample Test1 >
< Jan 20, 2016 11:58:09 AM EST Sample Test It is not  T1 T2 >

Если вам нужна пустая строка между каждым выводом, вы можете добавить дополнительный \ n в ORS то есть

awk 'BEGIN{RS=">\n+";ORS=">\n\n";FS="\n"} {$1=$1}1' yourfile

(хотя это может также добавить завершающую пустую строку в конце файла).