Почему обновление пакета yum заменяет мои файлы конфигурации yum-cron?

Сначала вам нужно удалить epel-release:

yum remove epel-release

Удалите кэшированные файлы для epel в /var/cache/yum/...

Затем включите EPEL Repository:

RHEL 6 32-Bit

wget http://download.fedoraproject.org/pub/epel/6/i386/epel-release-6-8.noarch.rpm
rpm -ivh epel-release-6-8.noarch.rpm

RHEL 6 64-Bit

wget http://download.fedoraproject.org/pub/epel/6/x86_64/epel-release-6-8.noarch.rpm
rpm -ivh epel-release-6-8.noarch.rpm