debian: ненужные необходимые пакеты в среде chroot

Ваша проблема связана с пробелами

Вы написали

charon_id = $(pidof charon)

Это означает «запустите команду charon_id с двумя параметрами; первый - символ = , а второй - результат выполнения команды $ (..)

Он должен быть

charon_id=$(pidof charon)

Теперь вы назначаете вывод переменной.