sda и sdb продолжают обмениваться местами

Я не знаю "лучший" способ, но я бы, вероятно, не делал это параллельно, просто что-то простое вроде:

for sql in *.sql; do
   mysql options <"$sql"
done

Если вам нужно делать это параллельно:

for prefix in File1 File2; do
  for sql in ${prefix}_*.sql; do
    mysql options <"$sql" &
  done
  wait
done

Это сначала возьмет File1* файлы и запустит MySQL параллельно. Затем подождите, пока они закончатся, прежде чем сделать то же самое со всеми File2* файлами.